Issanda Aasta 1433 sügisel tuleb Melchiori juurde Harju läänimees Hunold Metsentaken ja palub tema abi, et päästa süütu mees hukkamisest. Melchior peab minema Toompeale, kuulsa rüütli Detmar von Wenthuseni majja, kus hiljuti on julmal kombel tapetud üks inimene, ja Metsentaken on veendunud, et õige süüdlane on endiselt vabaduses ja elab selles majas rahulikult edasi. See on ohtlik ülesanne, kuid Melchior võtab selle vastu. Ta leiab peagi, et Wenthuseni maja peidab endas palju saladusi ja üks nendest võib olla seotud kurikuulsa raamatuga, mille nimi on "Pilaatuse evangeelium". Õige mõrvar peab olema keegi Wenthuseni maja väärikast elanikest ning Melchior on kistud aadlimeeste omavahelistesse tülidesse.

Romaani teine tegevusliin jälgib Melchiori poja tegutsemisi Lübeckis ja Hamburgis, kus ta lahendab Wakenstede suguvõsa needuse mõistatuse ning saab salapärase alkeemiku Benedictus Bremeri õpilaseks.

"Apteeker Melchior ja Pilaatuse evangeelium" on seitsmes raamat Indrek Hargla ajalooliste kriminaalromaanide tsüklis, milles kuritegusid lahendab Tallinna apteeker Melchior Wakenstede.