"Algarvude üksildus" on kahe noore inimese kujunemislugu. Mõlemad on üksiklased, kes ei oska ümbritseva maailmaga kohaneda, mõlema elu ja saatust määrab suuresti lapsepõlves juhtunud trauma. Matemaatik Mattia arvates on tema ja Alice, hingelt ja olemuselt väga lähedased, tegelikult nagu üksildased algarvud, mis jaguvad vaid ühe ja iseendaga, elades oma paralleelset elu, ent päriselt kokku ei saa iialgi.